Έργο με μουσικά μέρη και πεζούς διαλόγους, αποτελείται από δύο Πράξεις και βασίζεται σε κείμενο του θεατρανθρώπου Εμάνουελ Σίκανεντερ. Οι ιδέες του Ελευθεροτεκτονισμού και του Διαφωτισμού, όπως οι έννοιες της ελευθερίας και της ισότητας, αποτελούσαν θεμελιώδεις αξίες στη ζωή του συνθέτη, που μας ταξιδεύει από την αρχαία Αίγυπτο μέχρι ένα παραμυθένιο δάσος, όπου πρωταγωνιστούν ο Ταμίνο, η Παμίνα, αλλά και ο Ζαράστρο και η μοχθηρή Βασίλισσα της Νύχτας.
Παρακολουθούμε τις προσπάθειες του Ταμίνο να ελευθερώσει την όμορφη Παμίνα από το δαίμονα Ζαράστρο. Γι’ αυτόν το σκοπό η μητέρα της Παμίνας, η Βασίλισσα της Νύχτας, έχει δώσει στον Ταμίνο ένα μαγικό αυλό και στον ακόλουθό του Παπαγκένο ασημένια καμπανάκια, που ο ήχος τους βοηθά να ξεπεραστούν κάθε είδους δοκιμασίες.
Ο Μονόστατος, υπηρέτης του Ζαράστρο και φρουρός της Παμίνας, πολιορκεί ερωτικά την κοπέλα. Καταφτάνει ο Παπαγκένο, που λέει στην Παμίνα πως σύντομα θα διαφύγουν. Όταν ο Ταμίνο παίζει το μαγικό αυλό, τα ζώα του δάσους μαγεύονται, κι όταν ο Παπαγκένο χρησιμοποιεί τα καμπανάκια του, οι ακόλουθοι του Μονόστατου χορεύουν μαγεμένοι.
Εμφανίζεται ο Ζαράστρο πάνω στο άρμα του. Η Παμίνα παραδέχεται ότι προσπάθησε να διαφύγει. Εξηγεί όμως ότι την καταδιώκει ο Μονόστατος, και μάλιστα έχει συλλάβει τον Ταμίνο και τον Παπαγκένο. Ο Ζαράστρο οδηγεί και τους δύο στο Ναό της δοκιμασίας, λέγοντας πως, αν ο Ταμίνο καταφέρει να περάσει όλες τις δοκιμασίες, η Παμίνα θα γίνει γυναίκα του.
Ο Μονόστατος πλησιάζει πάλι την Παμίνα, αλλά τρέπεται σε φυγή όταν αντιλαμβάνεται την παρουσία της Βασίλισσας της Νύχτας. Εκείνη ζητά από την κόρη της να σκοτώσει τον Ζαράστρο. Στο μεταξύ, ο Παπαγκένο έχει ερωτευτεί… την Παπαγκένα και, θαρρώντας πως την έχασε για πάντα, αποφασίζει να δώσει τέλος στη ζωή του. Τρία αγόρια τού υπενθυμίζουν πως διαθέτει μαγικά καμπανάκια. Ο Παπαγκένο τα αφήνει να ηχήσουν, κι η αγαπημένη του επανεμφανίζεται.
Με τη βοήθεια του μαγικού αυλού η Παμίνα και ο αγαπημένος της Ταμίνο περνούν με επιτυχία τις τελικές δοκιμασίες, κι έτσι τους υποδέχονται με επισημότητα στον κατάφωτο Ναό. Η Βασίλισσα της Νύχτας και οι ακόλουθοί της αποφασίζουν να επιτεθούν, ωστόσο θύελλες, αστραπές και βροντές αποτρέπουν την επέλασή τους στο Ναό. Η ημέρα παίρνει τη θέση της νύχτας. Έτσι, στερεότυπες απόψεις για το Καλό και το Κακό ανατρέπονται: Το Καλό θριαμβεύει, το Κακό κατακρημνίζεται.
